
antechamber -i paracetamol.pdb -fi pdb -o paracetamol.mol2 -fo mol2 -c rc -cf paracetamol.charge -s 2

rm A*

antechamber -i ch4.pdb -fi pdb -o ch4.mol2 -fo mol2 -c cd

rm A*

parmchk -i paracetamol.mol2 -f mol2 -o paracetamol.frcmod

parmchk -i ch4.mol2 -f mol2 -o ch4.frcmod

#using tleap --> tleap.inp
echo "
source leaprc.gaff

MOL=loadmol2 paracetamol.mol2
loadamberparams paracetamol.frcmod

UNK=loadmol2 ch4.mol2
loadamberparams ch4.frcmod

saveoff MOL paracetamol.lib 
saveamberparm MOL paracetamol.prmtop paracetamol.inpcrd

saveoff UNK ch4.lib 
saveamberparm UNK ch4.prmtop ch4.inpcrd

loadoff paracetamol.lib
loadoff ch4.lib

complex = loadpdb paracetamol_ch4.pdb 

saveamberparm complex paracetamol_ch4.prmtop paracetamol_ch4.inpcrd
savepdb complex paracetamol_ch4_out.pdb
quit
" > tleap.inp

tleap -f tleap.inp
